1、按工作流程劃分
　　標本取材室、脫水透明浸蠟與包埋室，切片室，染色室，特殊染色和免疫組化室（分子病理室）。

2、按氣流布局劃分
　　清潔區、半清潔區和污染區，污染和半污染區之間的緩沖區。

3、按功能作用劃分
　　（1）污染區：（生物因素與化學制劑污染）標本收取、巨檢和取材室，冰凍切片室；
　　（2）相對清潔區/緩沖區：（化學制劑污染）常規制片室，特殊染色和免疫組化室，分子實驗室；
　　（3）相對危險區：（防火區）有毒易燃物品儲藏室；
　　（4）清潔區：診斷室，檔案室，辦公室。

提醒
　　將各區分開，污染區和相對清潔區設計獨立的排風及排污系統；另設門禁系統，無關人員和無關物品不得進入污染區和相對清潔區。